发展生物医药产业是杭州“新药港”建设的重要内容。近几年来，全市医药产业创造的增加值均高于全市GDP增幅。在全市经济12％的增幅中，由医药产业提供的已达0.23个百分点。
中药已经成为一个新的经济增长点。杭州中药产业历史悠久，有“正大青春宝”、“胡庆余堂”等一批有品种特色和一定生产规模、技术设备先进、营销能力强的企业。如今，杭州中药产业的产品结构趋向合理。主要表现在四个方面，一是中药重点产品销量有较大幅度增长；二是中药产品“多、小、散”的状况正在逐步改观；三是中药产品的市场化程度提高，出现了近年来少见的库存下降情况。四是中药新剂型开发与新技术应用有了新的起色。
在生物工程制药方面，近几年杭州天目山药业集团、杭州九源基因工程公司、杭州中美华东制药集团等企业均有新药研发，但进展不大。造成这种现状的原因，主要是新药审批环节多、耗时长，加上生物医药研发投资大、周期长，而大部分企业又缺资金，技术力量也跟不上等。
目前，杭州“新药港”建设的中坚力量，主要有誉称江南药王的百年老厂“胡庆余堂”、跻身全国中成药工业企业50强的“正大青春宝集团公司”，以及“天目山药业公司”、“澳医保灵药业公司”和“浙江康莱特药业公司”等。在这些企业中，除“正大青春宝集团公司”属大一规模以及“胡庆余堂”、“天目山药业公司”属大二规模外，其他企业均属中小企业。
企业规模小、产业依托能力不强、新型剂型产品不多和科研技术水平不高等问题，是迄今为止杭州市中成药还没有一只产品能真正以药品身份进入国际医药主流市场的主要原因。本市中成药在药效和安全性评价、生产工艺、质量标准、制剂技术、临床研究等方面的发展相对滞后，离中药现代化尚有较大差距。
目前，杭州只有少数中药企业通过了国际GMP认证。在新产品中拥有自主知识产权的也不多。有关专家担心，可能日后还会出现吃自己祖宗留下“中药”方子却要向外国人付使用专利费的情况。此外，医药产业科技人员匮乏，也在一定程度上影响了杭州医药企业的发展。
最近杭州的一些医学专家建议，中药和中药现代化应成为杭州市医药产业的重点发展方向。他们认为，随着分子生物学和基因工程学为先导的现代生命科学的迅速发展，基因芯片、生物信息分析及化学分析鉴别等生物技术手段已经为中药现代化提供了强大的技术支撑和推动力。杭州市应遵循创新与仿制相结合的战略思想，继续加强基因工程药物的研究与开发，不断推进杭州“新药港”的建设。
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